A finalidade do FEHIDRO é apoiar, em caráter supletivo, estudos, implementação e manutenção de projetos de aproveitamento e gestão dos recursos hídricos do Estado, numa ótica de desenvolvimento sustentável, incluindo, dentre outras, as seguintes áreas específicas:

• Realização de estudos, pesquisas e levantamentos hídricos;
• Mapeamentos hídricos básicos;
• Execução de planos de gestão e gerenciamento de bacias hidrográficas;
• Implantação e gerenciamento de um sistema de informações em recursos hídricos;
• Implantação de um sistema de outorga de direito de uso da água no Estado;
• Implantação e gerenciamento de um sistema de cadastro de usuários de água no Estado;
• Execução de políticas de proteção ambiental do Estado, com ênfase em recursos hídricos;
• Apoio e fomento a projetos de aproveitamento dos recursos hídricos.